Please use this identifier to cite or link to this item: https://biore.bio.bg.ac.rs/handle/123456789/524
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.authorBanjanac, Tijanaen_US
dc.contributor.authorSkorić, Marijanaen_US
dc.contributor.authorBelamarić, Marioen_US
dc.contributor.authorNestorović Živković, Jasminaen_US
dc.contributor.authorMišić, Danijelaen_US
dc.contributor.authorJelić, Mihailoen_US
dc.contributor.authorDmitrović, Slavicaen_US
dc.contributor.authorŠiler, Branislaven_US
dc.date.accessioned2019-07-04T08:35:44Z-
dc.date.available2019-07-04T08:35:44Z-
dc.date.issued2018-01-01-
dc.identifier.issn0534-0012-
dc.identifier.urihttps://biore.bio.bg.ac.rs/handle/123456789/524-
dc.description.abstract© 2018 Serbian Genetics Society. U modernoj naučnoj literaturi postoji svega nekoliko naučnih publikacija koje se bave razvijanjem mikrosatelitskih markera na osnovu transkriptoma ili genoma tetraploidnih vrsta. Dobijanje mikrosatelitskih markera obično predstavlja poseban računarski izazov usled komplikovane i obimne kombinatorike tokom slaganja (eng.: assembly) sekvenciranog materijala u kontige (duže nizove); izazov koji se još dodatno uvecava kada su u pitanju poliploidne vrste. U okviru ovog istraživanja predstavljen je inovativan bioinformatički pristup pronalaženju polimorfnih mikrosatelitskih lokusa u okviru transkriptoma tetraploidne vrste za koju ne postoji referentni genom. Osobenost primenjenog pristupa se ogleda u kreiranju kratkih kontiga, dužine od 170 do 200 baznih parova, na osnovu takode kratkih (114 bp) uparenih sekvenci (tzv. "ridova"; eng.: read) de novo sekvenciranog transkriptoma vrste Centaurium erythraea. Visoka tacnost uparivanja kratkih sekvenci je postignuta minimalnim preklapanjem od 14 baznih parova. Bioinformaticki pristup obradi podataka je podeljen u šest faza za koje su upotrebljeni isključivo besplatni softveri otvorenog koda koji su, takode, omogucavali i celokupnu obradu podataka na prosecnom personalnom racunaru. Kao krajnji rezultat primenjenog pristupa dobijen je set od 13 150 kratkih kontiga koje sadrže mikrosatelitske ponovke od kojih je, po principu slucajnosti, odabrano 16 neredundantnih koje su poslužile za konstrukciju prajmera i potvrdu samog pristupa. Za 9 od 16 konstruisanih lokusa pokazana je polimorfnost i/ili transferabilnost u okviru osam razlicitih taksona roda Centaurium. Ukupno su zabeležena 54 različita alela, dok je broj alela po lokusu varirao u rasponu od 2 do 14. Najveći broj alela je zabeležen kod jedinki C. erythraea, C. littorale i kod hibridogenog taksona C. pannonicum. Dobijeni EST-SSR markeri se mogu iskoristiti u populaciono-genetičkim istraživanjima prirodnih populacija roda Centaurium te tako pružiti i dragocene informacije konzervacionim i evolucionim biolozima. Primenjena metodologija je obezbedila veoma veliku bazu podatak de novo asemblovanih i odabranih kontiga koja može biti osnova za konstruisanje još velikog broja EST-SSR markera za primenu u obimnijim populaciono-genetickim istraživanjima tetraploidnih taksona u okviru roda Centaurium.en_US
dc.relation.ispartofGenetikaen_US
dc.subjectCentauriumen_US
dc.subjectFree and open-source softwareen_US
dc.subjectMicrosatellite miningen_US
dc.subjectPolymorphismen_US
dc.subjectTetraploid genomeen_US
dc.titlePursuit for EST microsatellites in a tetraploid model from de novo transcriptome sequencingen_US
dc.typeArticleen_US
dc.identifier.doi10.2298/GENSR1802687B-
dc.identifier.scopus2-s2.0-85056219456-
dc.identifier.urlhttps://api.elsevier.com/content/abstract/scopus_id/85056219456-
dc.description.rankM23-
dc.description.impact0.761-
item.cerifentitytypePublications-
item.openairetypeArticle-
item.fulltextNo Fulltext-
item.grantfulltextnone-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
crisitem.author.deptChair of Genetics and Evolution-
crisitem.author.orcid0000-0002-1637-0933-
Appears in Collections:Journal Article
Show simple item record

SCOPUSTM   
Citations

2
checked on Nov 4, 2024

Page view(s)

3
checked on Nov 5, 2024

Google ScholarTM

Check

Altmetric

Altmetric


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.